С технической точки зрения конфигурации 1С отличаются друг от друга набором объектов, которые находятся внутри них: видами справочников, документов, регистров, перечислений и прочим. Поэтому выглядят и работают они по-разному.
С точки зрения использования, конфигурации 1С тоже отличаются друг от друга, так как каждый программный продукт предназначен для решения определенного вида бизнес-задач.